1. 工作频率：40KHz等离子清洗机的工作频率为40千赫（40,000赫兹），而13.56MHz等离子清洗机的工作频率为13.56兆赫（13,560,000赫兹）。工作频率不同会导致设备清洗效果和适用范围上的差异。

2. 清洗效果：40KHz的低频等离子清洗对于大多数材料都可以达到较好的清洗效果，但对于一些微米或亚微米级别的颗粒或污染物去除效果可能不佳。而13.56MHz高频等离子清洗则在去除颗粒尺寸较小的污染物方面具有更高的功效，能够提供更的清洗效果。

3. 清洗速度：13.56MHz等离子清洗速度相对更快，因为具有更高的频率，能更快地传递能量，从而更有效地去除表面污垢。

4. 适用范围：40KHz等离子清洗适用于大部分材料的表面清洗及去除较大颗粒尺寸的污染物，如塑料、金属、玻璃等材料。13.56MHz等离子清洗则更适用于对微米级污染物及颗粒清洗要求较高的应用，如微电子、半导体、光学等行业。

5. 成本：由于13.56MHz等离子清洗技术较复杂，设备制造成本相对较高，价格可能会比40KHz的设备更贵。但根据不同的实际应用需求，适用领域和性能要求可能需要使用较高成本的清洗设备。

综上所述，40KHz和13.56MHz等离子清洗机主要区别在工作频率、清洗效果、清洗速度、适用范围及成本等方面，用户应根据自身的需求和应用领域选择合适的设备。